公司扣除员工工资作年终奖不合法。依据《劳动法》，工资应按月支付，不得克扣。此行为侵犯员工权益，可能导致员工经济受损，影响工作积极性。
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针对公司扣工资作年终奖，常见处理方式为投诉或仲裁。员工可向劳动监察部门投诉，或直接申请劳动仲裁，根据具体情况选择合适途径维权。
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公司扣工资违法。处理方式：1.与公司沟通，要求停止扣除；2.向劳动监察部门投诉，提供工资条等证据；3.申请劳动仲裁，维护合法权益。