你提到对公司因连续三天旷工而自动离职的流程有异议。根据《劳动合同法》及相关劳动法规，员工离职应遵循法定程序，并确保双方权益不受侵害。若你对公司的处理流程不满，首先应与人力资源部门沟通，了解具体依据及流程细节。若沟通无果，可依据《劳动争议调解仲裁法》申请劳动仲裁，要求审查公司流程是否合法。在此过程中，公司需举证你未按规定请假且擅自离岗的事实，这是其采取后续措施的前提。
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从法律角度看，连续旷工三天自动离职的规定是否合理，取决于公司规章制度是否合法制定并告知员工。根据《劳动合同法》第四条，用人单位应依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若规章制度经民主程序制定且已公示或告知员工，连续旷工三天自动离职的规定可视为合理。但员工有权对规章制度提出异议，并通过合法途径维护自身权益。