没有村组印章的土地转让协议通常无效。依据《土地管理法》，土地属国家或村集体所有，个人无权转让。私下转让可能导致土地被收回，造成经济损失。
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协议无效。处理方式：1. 双方协商，退回土地及款项；2. 若协商无果，可向法院起诉，请求确认协议无效并返还土地；3. 也可向土地管理部门举报，由政府部门介入处理非法转让行为。
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处理此类问题，常见方式有协商、诉讼或寻求政府调解。选择时需考虑效率、成本及双方关系，协商不成可考虑诉讼或请求政府介入调解。